古生代ペルム紀には、後に哺乳類につながる単弓類（たんきゅうるい）が栄えていましたが、ペルム紀の終わりごろには地球史上最大の大量絶滅が起こりました。その後、中生代三畳紀に著しく多様化したのは、竜弓類（りゅうきゅうるい）から分岐した爬虫類でした。トカゲやワニ、カメをはじめ、海には魚竜や首長竜が、空には翼竜が、陸には恐竜が出現しました。それらは中生代を通じて大繁栄し、一部には巨大化する種類も現れました。
中生代白亜紀の終わりごろに再び起きた大量絶滅で、多様化した爬虫類の多くは絶滅しました。しかし、ジュラ紀にマニラプトル類の恐竜から分岐した鳥類は、この大量絶滅を乗り越え、新生代に多様化しました。